El Departament és un mòdul organitzatiu d’assessorament i orientació que coordina els estudis polivalents, integradors i flexibles de les etapes d’ESO i Batxillerat. És el primer nivell organitzatiu pedagògic que es complementa amb els caps de Seminari (segon nivell) i coordina-integra les diverses funcions complexes de cada professor en la seva tasca educativa. Els Departaments pedagògics que formen part de la secció d’ESO i Batxillerat són:
El Departament de Ciències (Jordi Font Cardús és el cap de departament), que engloba els seminaris de Biologia i Geologia, Física i Química, Dibuix Tècnic, Economia, Informàtica, Matemàtiques i Tecnologia.
El Departament de Llengües (Maria Hellín Aguilar és la cap de departament), que engloba els seminaris de Llengua i Literatura catalana, Llengua i Literatura castellana, Llatí, Francès i Alemany.
El Departament de Socials (Pol Valldeperas Prat és el cap de departament), que engloba els seminaris de Filosofia, Història i Geografia, Art i Religió i Ètica.
El Departament d’Anglès (Jordina Cardús Cardús és la cap de departament), que engloba el seminari d’Anglès.
El Departament de Plàstica, Música i Educació Física (Marta Cuscó Valls és la cap de departament), que engloba els seminaris d’Educació Física, Educació Musical i Educació Plàstica.